Las acciones del Plan están organizadas en cuatro ejes principales: el control del ingreso y de los cupos carcelarios; la mejora de la infraestructura y de los servicios prestados; el fortalecimiento de los procesos de salida de prisión y reintegración; y la prevención de la repetición de violaciones estructurales.

La estrategia comprende más de 300 metas, incluidas acciones orientadas a mejorar la actuación del Estado, valorizar las carreras profesionales del sistema, promover la participación social, brindar atención a las víctimas, impulsar políticas públicas centradas en la ciudadanía y fortalecer la transparencia de los datos y del gasto público.

La elaboración del Plano Pena Justa fue un proceso colectivo, con más de 6.000 contribuciones recibidas a través de consultas públicas, audiencias y reuniones. El Plan tendrá una duración de tres años y será monitoreado semestralmente. Además, se desplegará en versiones locales en todos los estados brasileños y en el Distrito Federal.