É a fase em que as penas de prisão ou medidas restritivas de direitos impostas pelo Judiciário são cumpridas.
No programa Fazendo Justiça, as ações para essa área são voltadas à qualificação do sistema penal, garantindo a proteção dos direitos fundamentais de pessoas presas por meio de inspeções periódicas às unidades, o fomento ao trabalho, à leitura e ao lazer em espaços prisionais, ao cuidado com a saúde de pessoas custodiadas, o fortalecimento da participação social, entre outras.
A identificação civil de pessoas privadas de liberdade e a qualificação de ferramentas de gestão processual como o Sistema Eletrônico de Execução Unificado (SEEU) também fazem parte do escopo do programa.